Bước tới nội dung

Tiểu phần lớn ở nhân thực (60S)

Sửa liên kết
Bách khoa toàn thư mở Wikipedia
(Đổi hướng từ 60S)

Các hạt ribosome được phân biệt theo hệ số lắng của chúng với đơn vị là Svedberg (S). Tiểu phần 60S là tiểu đơn vị lớn của ribosome 80S của sinh vật nhân chuẩn. Tiểu phần này có cấu trúc và chức năng liên quan đến tiểu phần 50S của ribosome 70S ở bọn nhân sơ.[1][2][3][4][5][6] Tuy nhiên, tiểu đơn vị 60S là lớn hơn nhiều so với tiểu đơn vị 50S của nhân sơ và chứa nhiều phân đoạn protein bổ sung, cũng như các đoạn mở rộng ARN ribosome.

Cấu trúc chung Tiểu phần lớn ở nhân thực (60S)

Đặc điểm đặc trưng của tiểu đơn vị lớn, được hiển thị bên dưới trong "Crown View", bao gồm một vùng lồi lên ở trung tâm (CP) và hai nhánh hai bên, được đặt tên theo thành phần protein vi khuẩn của chúng (nhánh L1 ở bên trái như được thấy từ mặt trong tiểu đơn vị và nhánh L7 / L12 ở bên phải). Có ba vị trí cho tRNA gắn vào, là miền A, miền P và miền E (xem bài viết về Dịch mã để biết chi tiết). Lõi của tiểu đơn vị 60S được hình thành bởi RNA ribosome 28S (viết tắt là 28S rRNA), tương đồng với rRNA 23S ở nhân sơ, cũng góp phần vào vị trí hoạt động (lõi của peptidyl transferase, PTC) của ribosome.[2][4] rRNA lõi được đi kèm với hàng chục protein. Trong hình "Cấu trúc tinh thể của tiểu đơn vị ribosome nhân thực 60S từ T. thermophila", lõi rRNA được biểu diễn là một dải màu xám và các đoạn mở rộng được thể hiện bằng màu đỏ. Protein có tương đồng ở cả sinh vật nhân chuẩn, vi sinh vật cổ và vi khuẩn được thể hiện là dải màu xanh. Protein chỉ được giống nhau giữa các sinh vật nhân chuẩn và vi sinh vật cổ được thể hiện là các dải màu cam và các protein đặc trưng cho sinh vật nhân chuẩn được biểu hiện là các dải màu đỏ.

Các protein ribosome của tiểu phần 60S Tiểu phần lớn ở nhân thực (60S)

Bảng "Protein ribosome 60S" cho thấy các nếp gấp protein riêng lẻ của tiểu đơn vị 60S vẫn sử dụng mã màu như trên. Các phần mở rộng cụ thể của sinh vật nhân thực, từ một vài chuỗi bên hoặc vòng lặp đến các xoắn alpha rất dài và các miền bổ sung, đều được đánh dấu bằng màu đỏ.[2]

Trong lịch sử, các thuật ngữ khác nhau đã được sử dụng cho các protein ribosome. Ví dụ, các protein đã được đánh số theo tính chất di chuyển của chúng trong các thí nghiệm điện di gel. Do đó, các tên gọi khác nhau có thể chỉ các protein tương đồng từ các sinh vật khác nhau, trong khi các tên giống hệt nhau lại không nhất thiết biểu thị các protein giống nhau. Bảng "Protein ribosome 60S" liên kết chéo các tên protein ribosome của con người mà tương đồng ở nấm men, vi khuẩn và vi sinh vật cổ.[7] Thông tin thêm có thể được tìm thấy trong cơ sở dữ liệu gen protein ribosome (RPG).[7]

Protein ribosome 60S
Cấu trúc (Nhân thực)[8]H. sapiens[7][9]amino acid[10]Bảo thủ[11]S. cerevisiae[12]Tương đồng ở Vi khuẩn (E. coli)Tương đồng ở Vi sinh vật cổ
RPLP0318EABP0L10L10
RPL3404EABL3L3L3
RPL4428EABL4L4L4
RPL5298EABL5L18L18p
RPL6289EL6n/an/a
RPL7254EABL7L30L30
RPL7A267EAL8n/aL7Ae
RPL8258EABL2L2L2
RPL9193EABL9L6L6
RPL10215EABL10L16L10e
RPL11EABL11L5L5
RPL13EAL13n/aL13e
RPL13A204EABL16L13L13
RPL14221EAL14n/aL14e
RPL15205EAL15n/aL15e
RPL17185EABL17L22L22
RPL18189EAL18n/aL18e
RPL18A177EAL20n/aLx
RPL19197EAL19n/aL19
RPL21161EAL21n/aL21e
RPL22129EL22n/an/a
RPL23141EABL23L14L14p
RPL23A157EABL25L23L23
RPL24158EAL24n/aL24e
RPL26146EABL26L24L24
RPL27137EL27n/an/a
RPL27A149EABL28L15L15
RPL28En/a[2][3][13]n/an/a
RPL29EL29n/an/a
RPL30116EAL30n/aL30e
RPL31126EAL31n/aL31e
RPL32136EAL32n/aL32e
RPL34118EAL34n/aL34e
RPL35124EABL35L29L29
RPL35AEAL33n/aL35Ae
RPL36106EL36n/an/a
RPL36A107EAL42n/aL44e
RPL3798EAL37n/aL37e
RPL37AEAL43n/aL37Ae
RPL38EAL38n/aL38e
RPL3952EAL39n/aL37Ae
RPL40129EAL40n/aL40e

Xem thêm Tiểu phần lớn ở nhân thực (60S)

Tham khảo Tiểu phần lớn ở nhân thực (60S)

  1. ↑ MeSH 60S+Ribosome+Subunits
  2. 1 2 3 4 Klinge, S; Voigts-Hoffmann, F; Leibundgut, M; Arpagaus, S; Ban, N (2011). "Crystal structure of the eukaryotic 60S ribosomal subunit in complex with initiation factor 6". Science. Quyển 334 số 6058. tr. 941–8. doi:10.1126/science.1211204. PMID 22052974.
  3. 1 2 Ben-Shem, A; Garreau; de Loubresse, N; Melnikov, S; Jenner, L; Yusupova, G; Yusupov, M (tháng 12 năm 2011). "The structure of the eukaryotic ribosome at 3.0 Å resolution". Science. Quyển 334 số 6062. tr. 1524–9. doi:10.1126/science.1212642. PMID 22096102.
  4. 1 2 Ban, N; Nissen, P; Hansen, J; Moore, PB; Steitz, TA (tháng 8 năm 2000). "The complete atomic structure of the large ribosomal subunit at 2.4 A resolution". Science. Quyển 289 số 5481. tr. 905–20. doi:10.1126/science.289.5481.905. PMID 10937989.
  5. ↑ Cate, JH; Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Earnest, TN; Noller, HF (tháng 9 năm 1999). "X-ray crystal structures of 70S ribosome functional complexes". Science. Quyển 285 số 5436. tr. 2095–104. doi:10.1126/science.285.5436.2095. PMID 10497122.
  6. ↑ Yusupov, MM; Yusupova, GZ; Baucom, A; Lieberman, K; Earnest, TN; Cate, JH; Noller, HF (tháng 5 năm 2001). "Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution". Science. Quyển 292 số 5518. tr. 883–96. doi:10.1126/science.1060089. PMID 11283358.
  7. 1 2 3 Nakao, A; Yoshihama, M; Kenmochi, N (2004). "RPG: the Ribosomal Protein Gene database". Nucleic Acids Res. Quyển 32. tr. D168–70. doi:10.1093/nar/gkh004. PMC 308739. PMID 14681386.
  8. ↑ Structure of the T. thermophila,' proteins from the structures of the large subunit PDBS 417, 4A19
  9. ↑ Nomenclature according to the ribosomal protein gene database, applies to H. sapiens and T. thermophila
  10. ↑ Yoshihama, Maki; Uechi, Tamayo; Asakawa, Shuichi; Kawasaki, Kauhiko (2002). "The Human Ribosomal Protein Genes: Sequencing and Comparative Analysis of 73 Genes". Genome Research. Quyển 12. tr. 379–390. doi:10.1101/gr.214202. PMC 155282. PMID 11875025.
  11. ↑ EAB means conserved in eukaryotes, archaea and bacteria, EA means conserved in eukaryotes and archaea and E means eukaryote-specific protein
  12. ↑ Traditionally, ribosomal proteins were named according to their apparent molecular weight in gel electrophoresis, leading to different names for homologous proteins from different organisms. The RPG offers a unified nomenclature for ribosomal protein genes based on homology.
  13. ↑ RPL28 has no detectable homolog in yeast

Liên kết ngoài Tiểu phần lớn ở nhân thực (60S)

Bản mẫu:Ribosome subunits

Lấy từ “https://vi.wikipedia.org/w/index.php?title=Tiểu_phần_lớn_ở_nhân_thực_(60S)&oldid=74614371”