Bản đồ gen plastome mang 156 kb loài Nicotiana tabacum (thuốc lá).Bản đồ bộ gen lạp thể 154 kb của một loài thực vật có hoa mô hình (Arabidopsis thaliana: Brassicaceae)Bản đồ plastome 27 kb bị thoái hóa mạnh của thực vật ký sinh Hydnora visseri.
Bộ gen lạp thể, hệ gen lạp thể hay plastome là bộ gen của lạp thể, nhóm bào quan hiện diện trong thực vật và đa dạng chủng loại nguyên sinh vật. Số lượng trình tự bộ gen lạp thể được giải mã tăng nhanh từ thập kỷ đầu tiên của thế kỷ 21. Ví dụ, có 25 bộ gen lục lạp đã được giải trình tự trong một nghiên cứu về phát sinh chủng loại phân tử.[1]
Bảng phân loại dưới đây dự kiến sẽ sưu tập những bộ gen lạp thể hoàn chỉnh đại diện cho một phạm vi rộng nhất về kích cỡ, số lượng gen và các họ thực vật có hoa.
Plastome đã giải trình tự với thông tin hoàn chỉnh về kích cỡ bộ gen, số lượng gen duy nhất, chú thích và năm công bố.
Siêu tảo là những sinh vật mang những bào quan quang hợp nguồn gốc từ sự kiện nội cộng sinh bậc hai hoặc bậc ba, cùng dạng gần không quang hợp, tựa lạp thể, hay thân thích. Apicomplexa là một ngành gồm những loài ký sinh đơn bào không quang hợp thuộc siêu nhóm nhân thực Chromalveolata, mang một bào quan lạp thể cấp hai thoái hóa.
Chromalveolata quang hợp
Bộ gen lạp thể Dinoflagellata không được tổ chức thành một phân tử DNA vòng đơn giống như những bộ gen lạp thể khác, mà lại trở thành một dàn gồm những vòng nhỏ.
Ở một vài sinh vật quang hợp khả năng bị tập nhiễm khi nội cộng sinh với tảo lục (Chlorophyta) hoặc tảo đỏ (Rhodophyta) đơn bào. Trong một số trường hợp này, không chỉ lục lạp từ tế bào tảo đơn bào trước đó giữ lại bộ gen của nó, mà còn kèm theo những cấu trúc tàn tích của tảo. Khi tàn dư đó bao gồm một nhân tế bào và một hệ gen nhân thì được gọi với thuật ngữ nucleomorph.
Loài nhân thực đơn bào Paulinella chromatophora sở hữu một bào quan (cyanelle), đại diện cho một trường hợp độc lập về việc chiếm hữu khả năng quang hợp từ sự kiện nội cộng sinh vi khuẩn lam. (Ghi chú: thuật ngữ cyanelle cũng dùng để chỉ lạp thể tảo lục lam.)
↑Wolf PG, Rowe CA, Sinclair RB, Hasebe M (2003). "Complete nucleotide sequence of the chloroplast genome from a leptosporangiate fern, Adiantum capillus-veneris L". DNA Res. Quyển10 số2. tr.59–65. doi:10.1093/dnares/10.2.59. PMID12755170.
↑Gao L, Yi X, Yang YX, Su YJ, Wang T (2009). "Complete chloroplast genome sequence of a tree fern Alsophila spinulosa: insights into evolutionary changes in fern chloroplast genomes". BMC Evolutionary Biology. Quyển9. tr.130. doi:10.1186/1471-2148-9-130.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
↑Roper, Jessie M.; Kellon Hansen, S.; Wolf, Paul G.; Karol, Kenneth G.; Mandoli, Dina F.; Everett, Karin D. E.; Kuehl, Jennifer; Boore, Jeffrey L. (2007). "The Complete Plastid Genome Sequence of Angiopteris evecta (G. Forst.) Hoffm. (Marattiaceae)". American Fern Journal. Quyển97 số2. tr.95–106. doi:10.1640/0002-8444(2007)97[95:TCPGSO]2.0.CO;2.
↑Wolf PG, Karol KG, Mandoli DF, Kuehl J, Arumuganathan K, Ellis MW, Mishler BD, Kelch DG, Olmstead RG, Boore JL (2005). "The first complete chloroplast genome sequence of a lycophyte, Huperzia lucidula (Lycopodiaceae)". Gene. Quyển350 số2. tr.117–28. doi:10.1016/j.gene.2005.01.018. PMID15788152.
↑Tatsuya Wakasugi, A. Nishikawa, Kyoji Yamada, and Masahiro Sugiura. 1998. "Complete nucleotide sequence of the plastid genome from a fern, Psilotum nudum". Endocytobiology and Cell Research13(supplement):147. see External links below.
↑Tsuji S, Ueda K, Nishiyama T, Hasebe M, Yoshikawa S, Konagaya A, Nishiuchi T, Yamaguchi K (2007). "The chloroplast genome from a lycophyte (microphyllophyte), Selaginella uncinata, has a unique inversion, transpositions and many gene losses". J. Plant Res. Quyển120 số2. tr.281–90. doi:10.1007/s10265-006-0055-y. PMID17297557.
↑Hirao T, Watanabe A, Kurita M, Kondo T, Takata K (2008). "Complete nucleotide sequence of the Cryptomeria japonica D. Don. chloroplast genome and comparative chloroplast genomics: diversified genomic structure of coniferous species". BMC Plant Biol. Quyển8. tr.70. doi:10.1186/1471-2229-8-70. PMC2443145. PMID18570682.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
123456Jansen RK, Cai Z, Raubeson LA, Daniell H, Depamphilis CW, Leebens-Mack J, Müller KF, Guisinger-Bellian M, Haberle RC, Hansen AK, Chumley TW, Lee SB, Peery R, McNeal JR, Kuehl JV, Boore JL (2007). "Analysis of 81 genes from 64 plastid genomes resolves relationships in angiosperms and identifies genome-scale evolutionary patterns". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. Quyển104 số49. tr.19369–74. Bibcode:2007PNAS..10419369J. doi:10.1073/pnas.0709121104. PMC2148296. PMID18048330.
↑Wakasugi T, Tsudzuki J, Ito S, Nakashima K, Tsudzuki T, Sugiura M (1994). "Loss of all ndh genes as determined by sequencing the entire chloroplast genome of the black pine Pinus thunbergii". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. Quyển91 số21. tr.9794–8. Bibcode:1994PNAS...91.9794W. doi:10.1073/pnas.91.21.9794. PMC44903. PMID7937893.
↑McCoy SR, Kuehl JV, Boore JL, Raubeson LA (2008). "The complete plastid genome sequence of Welwitschia mirabilis: an unusually compact plastome with accelerated divergence rates". BMC Evol. Biol. Quyển8. tr.130. doi:10.1186/1471-2148-8-130. PMC2386820. PMID18452621.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
12345678910Guisinger et al, Implications of the Plastid Genome Sequence of Typha (Typhaceae, Poales) for Understanding Genome Evolution in Poaceae, J Mol Evol 70: 149–166 (2010)
↑W Goremykin; Hirsch-Ernst KI; Wolfl S; Hellwig FH (2003). "Analysis of the Amborella trichopoda chloroplast genome sequence suggests that Amborella is not a basal angiosperm". Mol Bio Evol. Quyển20. tr.1445–1454.
↑Sato S, Nakamura Y, Kaneko T, Asamizu E, Tabata S (1999). "Complete structure of the chloroplast genome of Arabidopsis thaliana". DNA Res. Quyển6 số5. tr.283–90. doi:10.1093/dnares/6.5.283. PMID10574454.
1234Hansen DR, Dastidar SG, Cai Z, Penaflor C, Kuehl JV, Boore JL, Jansen RK (2007). "Phylogenetic and evolutionary implications of complete chloroplast genome sequences of four early-diverging angiosperms: Buxus (Buxaceae), Chloranthus (Chloranthaceae), Dioscorea (Dioscoreaceae), and Illicium (Schisandraceae)". Mol. Phylogenet. Evol. Quyển45 số2. tr.547–63. doi:10.1016/j.ympev.2007.06.004. PMID17644003.
↑Goremykin, V.; Hirsch-Ernst, K. I.; Lfl, S.; Hellwig, F. H. (2003). "The chloroplast genome of the basal angiosperm Calycanthus fertilis – structural and phylogenetic analyses". Plant Systematics and Evolution. Quyển242 số1–4. tr.119–135. doi:10.1007/s00606-003-0056-4.
↑Bausher MG, Singh ND, Lee SB, Jansen RK, Daniell H (2006). "The complete chloroplast genome sequence of Citrus sinensis (L.) Osbeck var 'Ridge Pineapple': organization and phylogenetic relationships to other angiosperms". BMC Plant Biol. Quyển6. tr.21. doi:10.1186/1471-2229-6-21. PMC1599732. PMID17010212.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
↑Samson N, Bausher MG, Lee SB, Jansen RK, Daniell H (2007). "The complete nucleotide sequence of the coffee (Coffea arabica L.) chloroplast genome: organization and implications for biotechnology and phylogenetic relationships amongst angiosperms". Plant Biotechnol. J. Quyển5 số2. tr.339–53. doi:10.1111/j.1467-7652.2007.00245.x. PMC3473179. PMID17309688.
↑Leseberg CH, Duvall MR (2009). "The complete chloroplast genome of Coix lacryma-jobi and a comparative molecular evolutionary analysis of plastomes in cereals". J. Mol. Evol. Quyển69 số4. tr.311–8. doi:10.1007/s00239-009-9275-9. PMID19777151.
↑Plader W, Yukawa Y, Sugiura M, Malepszy S (2007). "The complete structure of the cucumber (Cucumis sativus L.) chloroplast genome: its composition and comparative analysis". Cell. Mol. Biol. Lett. Quyển12 số4. tr.584–94. doi:10.2478/s11658-007-0029-7. PMID17607527.
12McNeal JR, Kuehl JV, Boore JL, de Pamphilis CW (2007). "Complete plastid genome sequences suggest strong selection for retention of photosynthetic genes in the parasitic plant genus Cuscuta". BMC Plant Biol. Quyển7. tr.57. doi:10.1186/1471-2229-7-57. PMC2216012. PMID17956636.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
12Funk HT, Berg S, Krupinska K, Maier UG, Krause K (2007). "Complete DNA sequences of the plastid genomes of two parasitic flowering plant species, Cuscuta reflexa and Cuscuta gronovii". BMC Plant Biol. Quyển7. tr.45. doi:10.1186/1471-2229-7-45. PMC2089061. PMID17714582.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
↑Ruhlman T, Lee SB, Jansen RK, Hostetler JB, Tallon LJ, Town CD, Daniell H (2006). "Complete plastid genome sequence of Daucus carota: implications for biotechnology and phylogeny of angiosperms". BMC Genomics. Quyển7. tr.222. doi:10.1186/1471-2164-7-222. PMC1579219. PMID16945140.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
123Cai Z, Penaflor C, Kuehl JV, Leebens-Mack J, Carlson JE, dePamphilis CW, Boore JL, Jansen RK (2006). "Complete plastid genome sequences of Drimys, Liriodendron, and Piper: implications for the phylogenetic relationships of magnoliids". BMC Evol. Biol. Quyển6. tr.77. doi:10.1186/1471-2148-6-77. PMC1626487. PMID17020608.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
↑Steane DA (2005). "Complete nucleotide sequence of the chloroplast genome from the Tasmanian blue gum, Eucalyptus globulus (Myrtaceae)". DNA Res. Quyển12 số3. tr.215–20. doi:10.1093/dnares/dsi006. PMID16303753.
↑Lee SB, Kaittanis C, Jansen RK, Hostetler JB, Tallon LJ, Town CD, Daniell H (2006). "The complete chloroplast genome sequence of Gossypium hirsutum: organization and phylogenetic relationships to other angiosperms". BMC Genomics. Quyển7. tr.61. doi:10.1186/1471-2164-7-61. PMC1513215. PMID16553962.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
12Timme RE, Kuehl JV, Boore JL, Jansen RK (2007). "A comparative analysis of the Lactuca and Helianthus (Asteraceae) plastid genomes: identification of divergent regions and categorization of shared repeats". Am. J. Bot. Quyển94 số3. tr.302–12. doi:10.3732/ajb.94.3.302. PMID21636403.
↑Liang H, Carlson JE, Leebens-Mack JH, Wall PK, Mueller LA, Buzgo M, Landherr LL, Hu Y, DiLoreto DS, Ilut DC, Field D, Tanksley SD, Ma H, Claude (2008). "An EST database for Liriodendron tulipifera L. floral buds: the first EST resource for functional and comparative genomics in Liriodendron". Tree Genetics and Genomes. Quyển4 số3. tr.419–433. doi:10.1007/s11295-007-0120-2.
↑Kato T, Kaneko T, Sato S, Nakamura Y, Tabata S (2000). "Complete structure of the chloroplast genome of a legume, Lotus japonicus". DNA Res. Quyển7 số6. tr.323–30. doi:10.1093/dnares/7.6.323. PMID11214967.
↑Daniell H, Wurdack KJ, Kanagaraj A, Lee SB, Saski C, Jansen RK (2008). "The complete nucleotide sequence of the cassava (Manihot esculenta) chloroplast genome and the evolution of atpF in Malpighiales: RNA editing and multiple losses of a group II intron". Theor. Appl. Genet. Quyển116 số5. tr.723–37. doi:10.1007/s00122-007-0706-y. PMC2587239. PMID18214421.
12Moore MJ, Dhingra A, Soltis PS, Shaw R, Farmerie WG, Folta KM, Soltis DE (2006). "Rapid and accurate pyrosequencing of angiosperm plastid genomes". BMC Plant Biol. Quyển6. tr.17. doi:10.1186/1471-2229-6-17. PMC1564139. PMID16934154.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
12Raubeson LA, Peery R, Chumley TW, Dziubek C, Fourcade HM, Boore JL, Jansen RK (2007). "Comparative chloroplast genomics: analyses including new sequences from the angiosperms Nuphar advena and Ranunculus macranthus". BMC Genomics. Quyển8. tr.174. doi:10.1186/1471-2164-8-174. PMC1925096. PMID17573971.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
12Jun Yu et alii (117 authors). 2005. "The Genomes of Oryza sativa: a history of duplications". PLoS Biology3(2):e38. Epub 2005 Feb 1.
↑Hiratsuka J, Shimada H, Whittier R, Ishibashi T, Sakamoto M, Mori M, Kondo C, Honji Y, Sun CR, Meng BY (1989). "The complete sequence of the rice (Oryza sativa) chloroplast genome: intermolecular recombination between distinct tRNA genes accounts for a major plastid DNA inversion during the evolution of the cereals". Mol. Gen. Genet. Quyển217 số2–3. tr.185–94. doi:10.1007/BF02464880. PMID2770692.
↑Kim KJ, Lee HL (2004). "Complete chloroplast genome sequences from Korean ginseng (Panax schinseng Nees) and comparative analysis of sequence evolution among 17 vascular plants". DNA Res. Quyển11 số4. tr.247–61. doi:10.1093/dnares/11.4.247. PMID15500250.
↑Guo X, Castillo-Ramírez S, González V, Bustos P, Fernández-Vázquez JL, Santamaría RI, Arellano J, Cevallos MA, Dávila G (2007). "Rapid evolutionary change of common bean (Phaseolus vulgaris L) plastome, and the genomic diversification of legume chloroplasts". BMC Genomics. Quyển8. tr.228. doi:10.1186/1471-2164-8-228. PMC1940014. PMID17623083.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
↑Okumura S, Sawada M, Park YW, Hayashi T, Shimamura M, Takase H, Tomizawa K (2006). "Transformation of poplar (Populus alba) plastids and expression of foreign proteins in tree chloroplasts". Transgenic Res. Quyển15 số5. tr.637–46. doi:10.1007/s11248-006-9009-3. PMID16952016.
↑Chung HJ, Jung JD, Park HW, Kim JH, Cha HW, Min SR, Jeong WJ, Liu JR (2006). "The complete chloroplast genome sequences of Solanum tuberosum and comparative analysis with Solanaceae species identified the presence of a 241-bp deletion in cultivated potato chloroplast DNA sequence". Plant Cell Rep. Quyển25 số12. tr.1369–79. doi:10.1007/s00299-006-0196-4. PMID16835751.
↑Haberle RC, Fourcade HM, Boore JL, Jansen RK (2008). "Extensive Rearrangements in the Chloroplast Genome of Trachelium caeruleum Are Associated with Repeats and tRNA Genes". Journal of Molecular Evolution. Quyển66 số4. tr.350–361. doi:10.1007/s00239-008-9086-4.
↑Zhengqiu Cai et al, Extensive Reorganization of the Plastid Genome of Trifolium subterraneum (Fabaceae) Is Associated with Numerous Repeated Sequences and Novel DNA Insertions, J Mol Evol 67: 696–704 (2008)doi:10.1007/s00239-008-9180-7
↑Ogihara, Yasunari; Isono, Kazuriho; Kojima, Toshio; Endo, Akira; Hanaoka, Mitsumasa; Shiina, Takashi; Terachi, Toru; Utsugi, Shigeko; và đồng nghiệp (2000). "Chinese Spring Wheat (Triticum aestivum L.) Chloroplast Genome: Complete Sequence and Contig Clones". Plant Molecular Biology Reporter. Quyển18 số3. tr.243–253. doi:10.1007/BF02823995.
↑Fajardo D, Senalik D, Ames M, Zhu H, Steffan SA, Harbut R, Polashock J, Vorsa N, Gillespie E, Kron K, Zalapa JE (2013). "Complete plastid genome sequence of Vaccinium macrocarpon: structure, gene content, and rearrangements revealed by next generation sequencing". Tree Genetics & Genomes. Quyển9 số2. tr.489–498. doi:10.1007/s11295-012-0573-9.
↑Jansen RK, Kaittanis C, Saski C, Lee SB, Tomkins J, Alverson AJ, Daniell H (2006). "Phylogenetic analyses of Vitis (Vitaceae) based on complete chloroplast genome sequences: effects of taxon sampling and phylogenetic methods on resolving relationships among rosids". BMC Evol. Biol. Quyển6. tr.32. doi:10.1186/1471-2148-6-32. PMC1479384. PMID16603088.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
↑Maier RM, Neckermann K, Igloi GL, Kössel H (1995). "Complete sequence of the maize chloroplast genome: gene content, hotspots of divergence and fine tuning of genetic information by transcript editing". J. Mol. Biol. Quyển251 số5. tr.614–28. doi:10.1006/jmbi.1995.0460. PMID7666415.
↑Gerald A. Tuskan, et alii (110 authors). 2006. "The genome of Black Cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)". Science 313 (5793):1596-1604.
↑"A revised classification of Santalales". Taxon. Quyển59 số2. 2010. tr.538–558.
12Leliaert, Frederik; Lopez-Bautista, Juan M (2015). "The chloroplast genomes of Bryopsis plumosa and Tydemania expeditionis (Bryopsidales, Chlorophyta): compact genomes and genes of bacterial origin". BMC Genomics. Quyển16 số1. tr.204. doi:10.1186/s12864-015-1418-3. ISSN1471-2164.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
↑Turmel M, Otis C, Lemieux C (tháng 8 năm 2002). "The chloroplast and mitochondrial genome sequences of the charophyte Chaetosphaeridium globosum: insights into the timing of the events that restructured organelle DNAs within the green algal lineage that led to land plants". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. Quyển99 số17. tr.11275–80. Bibcode:2002PNAS...9911275T. doi:10.1073/pnas.162203299. PMC123247. PMID12161560.
↑Smith DR, và đồng nghiệp (2010). "The Dunaliella salina organelle genomes: large sequences, inflated with intronic and intergenic DNA". BMC Plant Biol. Quyển10. tr.83. doi:10.1186/1471-2229-10-83. PMC3017802. PMID20459666.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
↑de Cambiaire JC, Otis C, Turmel M, Lemieux C (2007). "The chloroplast genome sequence of the green alga Leptosira terrestris: multiple losses of the inverted repeat and extensive genome rearrangements within the Trebouxiophyceae". BMC Genomics. Quyển8. tr.213. doi:10.1186/1471-2164-8-213. PMC1931444. PMID17610731.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
↑Brouard JS, Otis C, Lemieux C, Turmel M (2008). "Chloroplast DNA sequence of the green alga Oedogonium cardiacum (Chlorophyceae): unique genome architecture, derived characters shared with the Chaetophorales and novel genes acquired through horizontal transfer". BMC Genomics. Quyển9. tr.290. doi:10.1186/1471-2164-9-290. PMC2442088. PMID18558012.{{Chú thích tạp chí}}: Quản lý CS1: DOI truy cập mở nhưng không được đánh ký hiệu (liên kết)
↑E. Virginia Armbrust, et alii (42 authors). 2004. "The Genome of the Diatom Thalassiosira pseudonana: Ecology, Evolution, and Metabolism". Science306(5693):79-86.